出荷払いの際、ユーザーからPayPay残高を引き落とすタイミングを教えて下さい。

決済画面から支払いを行なった時点でユーザー残高から引き落としを行い、取引は保留状態となります。
この時点では加盟店売り上げとして計上はされません。
別途加盟店にてcaptureを行うことで取引確定し、加盟店売り上げとして計上されます。
支払い時点から金額を変更する場合についてはこちらをご確認下さい。
https://integration.paypay.ne.jp/hc/ja/articles/4414062860175