保証金のような、一時的預かり金として受け取り、取引完了時点で決済する機能がありますか。

下記ドキュメントの「Web決済」「ウェブペイメント」の出荷売上の機能をご利用してください。
https://developer.paypay.ne.jp/products/docs/webpayment

簡易な流れは以下となります。
①"Create a QR Code" API（isAuthorizationはtrueを指定することで出荷売上となります）を実行し、
　レスポンスデータのurlを実行します。
②ユーザーが支払い操作を行います。
　ユーザーが支払い操作を行うことで、残高がブロックされます。
③"Capture a payment authorization" APIで、売上を確定します。
　この時、決済金額を変更することができます。