一時的預かり金として決済金額の一部を最初に受け取り、取引完了時点で全額決済するような機能はありますか？

下記ドキュメントの「Web決済」「ウェブペイメント」の出荷売上の機能をご利用してください。
https://developer.paypay.ne.jp/products/docs/webpayment

簡易な流れは以下となります。

1. "Create a QR Code" API（isAuthorizationはtrueを指定することで出荷売上となります）を実行し、レスポンスデータのurlを実行します。
2. ユーザーが支払い操作を行います。ユーザーが支払い操作を行うことで、残高がブロックされます。
3. "Capture a payment authorization" APIで、売上を確定します。この時、決済金額を変更することができます。